A tapasztalat után a morál is visszakerült a korrekciós tényezőbe. Ezzel együtt a csata morálra gyakorolt hatása is megváltozott: a tapasztalathoz hasonlóan a sebzések nagysága a meghatározó. Annyi a különbség, hogy míg a tapasztalatnál az ellenséges flottán ejtett sebzés számít csak, itt az ellenséges és a saját sebzés (1%-ának) különbsége adja a morál változását. Amelyik flotta többet sebez a másikon, annak nő a morálja, a másiknak ugyanannyival csökken. Annyi korlátozással, hogy egy összecsapásban 50%-nál jobban nem változhat a morál.

Fontos újdonság a dezertálás. Ha egy flotta (vagy annak egy részének) morálja nullára csökken (akár csatában, akár a nyílt űrben), akkor a hajók dezertálnak, vagyis a játékos számára elvesznek. Erről küld értesítést a rendszer.